Die Geschichte des Fort Pannerden hängt eng mit dem Schutz und der Beherrschung der beiden Flüsse Rhein und Waal zusammen. Bereits während des Achtzigjährigen Krieges wurde 1586 am damaligen Trennpunkt von Rhein und Waal eine Schanze namens Schenkenschans errichtet. Durch die zunehmende Versandung des Rheins bei Lobith wurde jedoch deutlich, dass dieser Abschnitt als Wasserhindernis gegen angreifende Truppen unbrauchbar wurde. Daher baute man als militärische Reaktion 1701 an dieser Stelle einen Wall mit vorgelagerten Wassergraben. Kurz darauf wurde durch Wasserbauspezialisten der Pannerdensch Kanal, als direkte Verbindung zwischen Waal und Rhein, gebaut. Er sicherte nicht nur bessere Schiffbarkeit, sondern diente auch als Wasserhindernis für einen westwärts ziehenden Feind. In der Spitze zwischen Kanal und Waal wurde 1742 Fort Pannerden als sternenförmige Schanze gebaut. Mittelpunkt der Schanze war ein steinernes Reduit und ein Pulvermagazin.

Ein 1819 vorgelegter Entwurf für eine modernere Festungsanlage auf dem Hauptdamm bei Pannerden wurde aus Kostengründen nicht umgesetzt. Erst ab 1863 wurde die Notwendigkeit einer Verteidigung an dieser Stelle erkannt. Zwischen 1869 – 1872 wurde schließlich das Fort Pannerden gebaut. Hauptaufgabe waren der Schutz des Rheindammes, Sperrung bzw. der Schiffahrt auf Waal, Pannerdensch und Byland Kanal, sowie Schutz der Inundationsschleusen für die Nieuwe Hollandse Waterlinie. Das Fort besitzt eine polygonale Form mit trockenem Graben und Kaponnieren und sollte eine Durchhaltefähigkeit von 30 Tagen besitzen. Ursprünglich stand die Hauptbatterie auf dem Wall hinter mit Eisenplatten beschlagenen Eichenbohlen. Dies war aber eine Zwischenlösung, da man die Erkenntnisse über Panzerbatterien abwarten wollte. Die Modernisierung von Fort Pannerden erfolgte zwischen 1885 und 1890. Für die drei Batterien (Bylland-, Rijn- und Waalbatterie) wurden französische und deutsche Panzerplatten angekauft und nebeneinander verbaut. Zusätzlich wurden schützenswerte Bereiche mit Stampfbeton betoniert. Somit bekam das Fort den Status eines Panzerforts. Während der Zeit der Mobilisierungsperiode (1914-18) war folgende Bewaffnung vorhanden:

Nach dem 1. Weltkrieg wurde Fort Pannerden nach drastischen Kürzungen im Militäretat deklassifiziert und ab 1926 nicht mehr genutzt. Erst 1939 wurde das Fort wieder besetzt und durch Bunker ausserhalb verstärkt. Das Fort verhinderte am 10. Mai 1940 den Übergang der Wehrmacht über den Waal innerhalb der Reichweite seiner Waffen. Es konnte aber den Übergang nicht bei Doornenburg verhindern, wo ein erster Brückenkopf gebildet wurde. Am 11. Mai war das Fort vollkommen durch deutsche Truppen eingeschlossen. Ein erster Luftangriff mit Bordwaffen wurde auf das Fort geflogen und am Nachmittag des gleichen Tages zog man schwere Artillerie zusammen, um das Fort zu beschießen. Gegen 18.45 erschienen deutsche Parlamentäre vor dem Fort und forderten es zur Übergabe auf. Angesichts des Alters des Forts, der ungenügenden Munitionsvorräte, ohne Panzer- und Luftabwehr entschloß sich der Kommandant um 19.30 zur Kapitulation.

Nach längerem Leerstand wird das Fort Ende der 1990er Jahre von Hausbesetzern (niederl. Krakers) besetzt. Es folgt ein Wechselspiel zwischen polizeilicher Räumung und Wiederbesetzung. Höhepunkt ist im Jahre 2006 der Sturm auf das Fort durch die Polizei mit Hilfe eines Brückenlegepanzers der niederländischen Armee. Nur mit dieser Hilfe gelingt es der Polizei das Fort zu räumen. Seit 2008 wird das Fort durch die Gemeinde Lingewaard restauriert und zu einem Kulturzentrum und Museum umgebaut.

Letzter Stand: 22.06.2023